Zatkanie emitera jest zazwyczaj spowodowane cząstkami fizycznymi (piaskiem i zanieczyszczeniami), osadami chemicznymi (żelazem lub manganem) lub naroślami biologicznymi (glonami i mikroorganizmami). Rozwiązania obejmują płukanie wysokociśnieniowe w celu usunięcia zatorów fizycznych, kwasowanie w celu usunięcia osadów chemicznych oraz chlorowanie w celu wyeliminowania narośli biologicznych. Kluczem do zapobiegania jest zainstalowanie niezawodnego systemu filtracji i jego regularna konserwacja.